ในเกมนี้ ผู้เล่นต้องควบคุมกองกำลังของตัวเองเพื่อพิชิตกองทัพของฝ่ายตรงข้ามให้ได้ ยกเว้นบางภารกิจในโหมดผู้เล่นเดี่ยวที่มีวัตถุประสงค์พิเศษ มีสองวิธีที่จะเอาชนะฝ่ายตรงข้าม คือทำลายหน่วยรบของฝ่ายตรงข้ามให้หมดหรือยึดกองบัญชาการของพวกเขา

ระบบการต่อสู้นั้นเป็นแบบสลับรอบเล่นตั้งแต่สองถึงสี่กองทัพ แต่ละทัพนำโดยผู้บัญชาการ (COs: Commanding Officers) ทำหน้าที่สั่งผลิตหรือออกคำสั่งให้หน่วยรบบนแผนที่ซี่งแบ่งออกเป็นช่องๆ ในแต่ละตา หน่วยรบแต่ละหน่วย ซึ่งมีทั้งทางบก ทางน้ำ ทางอากาศ สามารถเคลื่อนที่ไปตามภูมิประเทศต่างๆ และจู่โจมหน่วยรบศัตรู หรือกระทำการอย่างอื่นได้ เช่น สั่งให้เรือดำน้ำดำลงลึก

อสังหาริมทรัพย์ที่ผู้เล่นครอบครอง ได้แก่ เมือง (City) ฐานทัพ (Base) ท่าเรือ (Port) สนามบิน (Airport) จะมอบเงินทุนให้ผู้เล่นในตอมเริ่มต้นของแต่ละตา ซึ่งเงินทุนนี้สามารถนำไปใช้ในการสร้างหน่วยรบใหม่ที่ฐานทัพ ท่าเรือ หรือสนามบิน (หรือเมืองในกรณีพิเศษ) ได้

นอกจากนี้ ยังม fog of war ปรากฏการณ์ที่ทำให้ผู้เล่นมองไม่เห็นหน่วยรบฝ่ายตรงข้ามที่อยู่นอกเหนือทัศนวิสัยของหน่วยรบผู้เล่น, สภาพอากาศ เช่นหิมะตกหรือฝนตก, พลังผู้บัญชาการ (CO powers) พลังพิเศษที่เรียกใช้โดยผู้บัญชาการเพื่อสนับสนุนกองทัพหรือส่งผลที่เป็นประโยชน์ต่อผู้เล่น ปัจจัยต่าง ๆ เหล่านี้สามารถส่งผลถึงการแพ้ชนะของผู้เล่นได้

Campaign

โหมด Campaign หรือโหมดเนื้อเรื่อง ประกอบด้วยภารกิจทั้งหมด 28 ภารกิจ ซึ่งดำเนินไปตามเนื้อเรื่องของเกม ซึ่งในภาคนี้ผู้บัญชาการจะได้รับค่าประสบการณ์ทุกครั้งที่ชนะคู่ต่อสู้ ค่าประสบการณ์นี้จะถูกนำไปใช้ในการจัดลำดับผู้บัญชาการ และเมื่อเก็บค่าประสบการณ์ถึงระดับหนึ่ง ผู้บัญชาการคนนั้นจะได้ทักษะพิเศษเพิ่มขึ้นด้วย

War room

ในโหมดวอร์รูมประกอบด้วยภารกิจต่างๆ ที่เตรียมไว้แล้วจำนวนหนึ่ง โดยในแต่ละภารกิจผู้เล่นต้องต่อสู้กับผู้บัญชาการฝ่ายตรงข้ามด้วยผู้บัญชาการที่ผู้เล่นเลือกเอง บางแผนที่จำเป็นต้องปลดล็อกก่อน เมื่อทำภารกิจเสร็จสิ้นแล้ว จะมีการได้ค่าประสบการณ์และการจัดลำดับผู้บัญชาการแบบเดียวกับในโหมด Campaign ทุกแผนที่ที่เล่นแล้วสามารถเล่นใหม่ได้ในภายหลัง

Survival

เป็นโหมดเกมใหม่ในภาคดูอัลสไตรค์ มีภารกิจ Survival อยู่สามแบบ ได้แก่ เงิน รอบ และเวลา แบบเงินจะมอบเงินให้ผู้เล่นจำนวนหนึ่งเพื่อใช้สร้างหน่วยรบใหม่ ในแบรอบผู้เล่นต้องสำเร็จภารกิจภายในจำนวนรอบที่กำหนด ในแบบเวลาผู้เล่นต้องสำเร็จภารกิจภายในเวลาที่กำหนด ผู้เล่นจะถูกจัดลำดับหลังจากเสร็จภารกิจ ซึ่งวิธีการจัดลำดับขึ้นอยู่กับแบบของภารกิจ

Combat

โหมดการเล่นที่แตกต่างออกไปจากโหมดทั่วไปโดยสิ้นเชิง ผู้เล่นจะควบคุมหน่วยรบ 4 ชนิด (Mech, Recon, Tank และ Artillery) ในการต่อสู้กับฝ่ายตรงข้าม จะเป็นการสู้ในระบบเวลาจริงแทนที่การสลับรอบเล่น เป้าหมายยังคงเดิมคือการทำลายหน่วยรบของฝ่ายตรงข้ามให้หมดหรือยึดกองบัญชาการของฝ่ายตรงข้ามให้ได้ ในโหมดนี้จะมีรายละเอียดปลีกย่อยบางประการที่แตกต่างออกไปจากโหมดธรรมดาด้วย

Versus และ Link

ทั้งสองโหมดนี้เป็นโหมดผู้เล่นหลายคน ต่างกันที่ว่าโหมดเวอร์ซัสเป็นการเล่นหลายคนบนเครื่องดีเอสเครื่องเดียว ส่วนโหมดลิงก์เป็นการเล่นร่วมกันหลายคนผ่านการเชื่อมต่อระบบไร้สาย คนละเครื่อง ตั้งแต่สองถึงแปดเครื่อง

ก่อนเริ่มการต่อสู้ ผู้เล่นสามารถตั้งค่าสภาพอากาศ หมอกแห่งสงคราม จำนวนเงินที่ผู้เล่นได้รับตอนเริ่ม จำนวนเงินที่ผู้เล่นได้รับในแต่ละตาได้ด้วย

สิ่งใหม่ๆ ในภาคนี้

แนวหน้าคู่

ในภารกิจทั่วไป จอล่างของเครื่องดีเอสจะแสดงแนวหน้าหลัก จอบนแสดงลักษณะภูมิประเทศและข้อมูลหน่วยรบ อย่างไรก็ตาม ในบางภารกิจจอบนใช้ในการแสดงแนวหน้ารอง แนวหน้ารองคือการต่อสู้ที่สองที่ดำเนินไปพร้อมๆ กับแนวหน้าหลัก ซึ่งหน่วยรบในแนวหน้าหลักสามารถส่งขึ้นไปยังแนวหน้ารองได้

เมื่อต่อสู้กันในสองแนวหน้า ผู้บัญชาการหนึ่งคนของแต่ละทีมจะควบคุมหนึ่งแนวหน้า ผู้บัญชาการในแนวหน้ารองจะได้รับตาเล่นต่อจากแนวหน้าหลัก สลับกันไปเรื่อยๆ ถ้าการต่อสู้ในแนวหน้ารองจบก่อนในแนวหน้าหลัก ผู้บัญชาการที่ชนะจะลงมาสมทบกับพวกเดียวกันในแนวหน้าหลัก

ผู้บัญชาการ (CO)

ในภาคนี้มีผู้บัญชาการที่ผู้เล่นเลือกใช้ได้ทั้งหมด 27 คน ผู้บัญชาการในภาคก่อนๆ ปรากฏตัวในภาคนี้ทุกคน ยกเว้น Sturm ซึ่งตายไปในภาคแบล็กโฮลไรส์ซิ่ง

Tagging

Tagging คือการที่ใช้ผู้บัญชาการสองคนในทีมเดียวกัน ทำให้ผู้บัญชาการทั้งสองสามารถปิดจุดอ่อนของกันและกันได้ เช่น Colin สั่งซื้อหน่วยรบได้ในราคาที่ถูกลง 20% แต่ต้องเสียความแข็งแกร่งของหน่วยรบไป 10% ถ้าจับคู่กับผู้บัญชาการที่มีทักษะการรบที่แข็งแกร่ง ผู้เล่นจะได้กำไรจากหน่วยรบราคาถูกที่ไม่สูญเสียความสามารถในการต่อสู้ โดยสลับให้ผู้บัญชาการคนที่สองออกมาก่อนจะสั่งโจมตี เมื่อหลอดพลังของผู้บัญชาการทั้งสองเต็มแล้ว พวกเขาสามารถใช้ Tag Power ซึ่งผู้บัญชาการทั้งสองจะใช้ Super CO Power ติดต่อกันในรอบเดียวกัน และทำให้ผู้เล่นได้เล่นติดต่อกันสองรอบด้วย

ค่าที่ส่งผลต่อการแทกเรียกว่า Tag Affinity มันเป็นค่าที่บ่งบอกว่าผู้บัญชาการทั้งสองเข้ากันได้ดีแค่ไหน ถ้าทั้งสองมี Tag Affinity หน่วยรบจะมีพลังเพิ่มขึ้นในขณะที่ใช้ Tag Power (ยกเว้น Sensei และ Hachi) และการใช้พลังนั้นจะมีชื่อเรียกพิเศษที่แสดงบนหน้าจอ เช่น Jake และ Rachel มี Tag Power ชื่อ "Orange Crush" ในทางกลับกัน ผู้บัญชาการบางคนมีความสัมพันธ์ที่แย่กับผู้บัญชาการคนอื่น ถ้าจับคู่ผู้บัญชาการที่ไม่เข้ากันจะส่งผลให้หน่วยรบมีพลังอ่อนลง